آیت‌الله غفاری که از شاگردان برجسته امام خمینی (ره) بود، از دیگر اساتید بزرگ زمان خود، از جمله سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای، سیدشهاب‌الدین مرعشی نجفی، علامه طباطبایی و سیداحمد خوانساری نیز بهره برد. فعالیت‌های سیاسی او از همان دوران تحصیل و تدریس در قم آغاز شد، اما با مهاجرت به تهران شدت بیشتری گرفت.
او در سال ۱۳۴۱ علیه تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی به سخنرانی و اعلام اعتراض پرداخت و مخالفت خود را با صدور بیانیه‌ها و نامه‌هایی به علما نشان داد. در همان سال با انقلاب سفید شاه مخالفت کرد و با امضای اعلامیه‌ای، از تحریم عید نوروز سال ۱۳۴۲ حمایت کرد. پس از حمله به مدرسه فیضیه در نوروز همان سال، سخنرانی‌های تند و اعتراضی علیه حکومت ایراد کرد. پس از قیام ۱۵ خرداد و دستگیری امام خمینی، او نیز بازداشت شد اما ۴۰ روز بعد آزاد گردید.
در دهه ۱۳۴۰، آیت‌الله غفاری بارها توسط ساواک و شهربانی رژیم پهلوی بازداشت، زندانی و شکنجه شد. در آبان ۱۳۴۳، پس از سخنرانی علیه قانون اصلاحات ارضی، دستگیر و به زندان فرستاده شد. در جریان بازجویی‌ها، از او خواسته شد به امام خمینی توهین کند، اما او این عمل را کفر خواند و از انجام آن امتناع ورزید.
ایشان در کلیه بازجویی‌ها و نوشته‌های خود از امام خمینی با عظمت یاد کرد.
در یک بازجویی از او سؤال کردند «نظر شما راجع به خمینی چیست؟» او با خودکار مشکی پشت کلمه «خمینی» کلمه «آقا» را اضافه کرد. بازجو هم طوری به صورت ایشان سیلی زد که از روی صندلی افتاد و نقش زمین شد.
آیت‌الله در بازجوی دیگری در واکنش به این دستور که از ایشان خواست راجع به امام خمینی بنویسد، نوشت: «تنها کسی که می‌تواند ایران را نجات دهد آیت‌الله العظمی خمینی است.» ایشان در پاسخ به این سوال که «به نظر شما خمینی کیست؟» نوشت: «ایشان مرجع تقلید علی‌الاطلاق مسلمین است.» و در پایان صفحه بازجویی جمله «دشمن آقای خمینی کافر است» را نوشت.
در یکی از موارد مقاومت او در برابر رژیم، پس از حادثه تیراندازی به محمدرضا شاه، که حکومت از مردم خواسته بود مجالس شکرگزاری برگزار کنند، آیت‌الله غفاری به همراه اهالی محل فرش‌های مسجد را به قالیشویی فرستاد تا از برگزاری مراسم در مسجد جلوگیری کند.
طبق گزارش ساواک، او و فرزندش هادی غفاری در سخنرانی‌های خود، حکومت ایران را با زمان معاویه مقایسه کرده و جوانان را به قیام حسینی فرا می‌خواندند. در نتیجه، او در تیرماه ۱۳۵۳ بازداشت شد و پس از محاکمه در آبان همان سال به ۸ ماه زندان محکوم شد.
آیت‌الله غفاری در دوران حبس تحت شکنجه‌های شدیدی قرار گرفت. یکی از سخت‌ترین لحظات شکنجه او، تراشیدن محاسنش با تیغ بر روی پوست خشک بود که به‌شدت شخصیت و روحیه او را تحت‌فشار قرار داد. پس از این شکنجه، حال او رو به وخامت گذاشت. هم‌بندان او، با تلاش و اعتراض، خواستار انتقال او به بیمارستان شدند. اما این اقدام دیر صورت گرفت و ایشان در تاریخ ۶ دی ۱۳۵۳، بر اثر شدت شکنجه‌ها به شهادت رسید.
محمود بازرگانی، یکی از هم‌بندان شهید غفاری، درباره مقاومت او می‌گوید: «هیچ شکنجه‌ای نتوانست او را به اعتراف وادار کند. او حتی پس از تراشیدن محاسنش، به هیچ خواسته‌ای تن نداد و در نهایت به خاطر مقاومتش، به شهادت رسید.»
دختر آیت‌الله غفاری روایت می‌کند که در یکی از دفعات بازداشت پدرشان، ایشان در زندان شهربانی تحت شرایط بسیار سختی نگهداری می‌شدند. هنگام ملاقات، مشاهده کرده که کف اتاق زندان پر از آب بوده و این وضعیت موجب شده بود بدن آیت‌الله غفاری به‌شدت ورم کند. پس از آزادی از این زندان، آثار شکنجه به وضوح بر بدن ایشان دیده می‌شد.
در آخرین دور بازداشت، شرایط شکنجه چنان وحشتناک بود که به شهادت ایشان منجر شد. دختر ایشان نقل می‌کند که هنگام ملاقات، دو ساعت معطل شدند و سرانجام آیت‌الله غفاری را در حالی به پشت میله‌ها آوردند که زیر بغلشان را گرفته بودند. دست‌ها و پاهایشان دیگر حالت عادی نداشت. وقتی علت را جویا شدند، آیت‌الله پاسخ دادند که به‌شدت تحت شکنجه و ضرب و شتم قرار گرفته‌اند.
شکنجه‌ها شامل استفاده از باتوم برقی و ضربات سنگین به سر و بدن بود. پشت سر آیت‌الله چنان آسیب دیده بود که به گفته دخترشان، مشت او در فرورفتگی ایجاد شده در جمجمه جا می‌شد. هنگام تحویل پیکر ایشان، مقامات اصرار داشتند که خانواده امضا دهند و تأیید کنند که فوت طبیعی بوده است، اما خانواده این درخواست را رد کردند. آثار شکنجه، از جمله سوختگی‌های شدید بر پاها که گوشت پا را از بین برده بود و شکستگی آرنج‌ها، کاملاً آشکار بود.
پیکر آیت‌الله غفاری با حضور برخی از علما تشییع شد و در قبرستان دارالسلام قم به خاک سپرده شد. این مبارز نستوه تا آخرین لحظات زندگی خود در برابر ظلم مقاومت کرد و شهادتش سندی بر جنایات رژیم پهلوی شد.
پیام شما به ما